1887年制定了“学位令”后，增设博士和大博士学衔。其间，各帝国大学纷纷冠上本地名称，为示区别，帝国大学的名称前面添上“东京”二字，更深一层含义是使其成为各大学的样板。这时学校的体制也发生变动，为便于统一领导，分科大学制又改为学部制，法学部增设商学系，10年后该系扩充而升格为经济学部，到战前的几十年间，东京帝国大学各方面都有长足发展，培养了几万名毕业生，毕业生中包括了不少国家领导级的人物。

二次大战后，清除了军国主义教育的一套做法，调整了机构和不合理的制度，并去掉了“东京帝国大学”中的“帝国”二字，重新恢复了最早东京大学的校名。改制后的东京大学又新设了基础学部、教育学部，把东京帝大时的附属医学专业部、第一高中、东京高中亦同时并入，原有学部中又分化出新的学部，一大批研究所和研究中心相继成立，今天，东京大学已成为具有10大学部，11个研究生院，12个研究所，数万师生员工的综合大学。1986年亚洲一些大学校长和行政管理人员投票评选10所世界著名大学时，东京大学作为亚洲唯一代表入选，这是东京大学的荣耀，也充分证实了它的学术水平。